El Convento de San Francisco está situado extramuros al oeste de la Villa de Santo Domingo de Silos, (Burgos), en el llamado “pago de Santa María del Paraíso”, dónde en la Edad Media existió una ermita dedicada a la Virgen bajo dicha advocación. Fue fundado, probablemente en 1301, durante el pontificado de Bonifacio VIII, siendo obispo de Burgos D. Pedro Gutiérrez de Queixada y abad de Santo Domingo, Don Juan III.
La comunidad franciscana que formaba parte de la Santa Provincia de la Inmaculada Concepción, la constituían entre veinte y treinta frailes que permanecieron en el convento hasta la exclaustración de 1835. Su actividad principal era la práctica pastoral en las localidades del entorno.